A Fazenda está localizada nos contrafortes da Serra da Mantiqueira, próximo da divisa com o estado de Minas Gerais e em altitudes variando entre 840 a 1200 metros acima do nível do mar. A centenária Fazenda estende-se por uma área de 358 hectares, no encontro das serras de Serra Negra, Serra das Águas de Lindóia e Serra das Águas Claras, caracterizando-se por uma área de transição geográfica entre Mata Atlântica e Cerradão, divisória de várias nascentes de águas minerais com excelentes características. A vegetação da fazenda consiste em fragmentos clímax de Mata Atlântica (com porte aproximado de 15 metros e com algumas espécies chegando a até 30 metros), capoeirões, campos, cerrados (em altitudes elevadas) e matas ciliares, numa área de 120 hectares de floresta preservada, o que corresponde a um terço da área total. As espécies mais encontradas na fazenda são: Peroba, Jacarandá, Cabreúva, Bico de Pato, Timburí, Ingá, Canelinha do Brejo, Ipê Amarelo e Paineiras. Entre as espécies da fauna é possível avistar uma grande variedade de pássaros (Urubu-Rei, Canário da Terra, Piçarra, Tucano, Siriema) e mamíferos como o veado-mateiro, paca, capivara, jaguatiricas, onça-parda e outros. Na propriedade para além de uma charmosa hospedaria, também há produção de culturas temporárias de milho e feijão, além de outras atividades, como a pecuária de corte e leiteira e o cultivo de frutas e verduras orgânicas para o abastecimento local, tanto da comunidade como dos visitantes. O processo de certificação da Fazenda Águas Claras iniciou-se em 2003 e a Fazenda está certificada, pela instituição BCS-OKO GARANTIE para produzir, comercializar e exportar para o mercado nacional, europeu e países como Estados Unidos e Japão. Localizada no casarão histórico da Fazenda, a Hospedaria oferece aos seus hóspedes a oportunidade de uma experiência vivencial dentro de uma autêntica fazenda cafeeira do século XIX.A antiga Casa Sede foi cuidadosamente restaurada preservando suas características originais. A rusticidade das madeiras nobres aparentes e os alto-relevos das portas e janelas transmitem a sensação de estar em um casarão histórico. Nos jardins, palmeiras imperiais, primaveras e jasmins dão o tom das cores o ano inteiro, sempre ao lado de árvores nativas, flores exóticas, peças e utensílios centenários, envolvendo a fazenda num paisagismo peculiar.Desde o início o projeto de adaptação da Fazenda para o turismo rural, obedeceu a alguns critérios, dos quais, os mais importantes são a valorização histórico-cultural, a manutenção das atividades agrosilvo pastoris e a preservação da natureza, garantindo o desenvolvimento do turismo sustentável na propriedade. O turismo rural refere-se a lugares em funcionamento (fazendas ou plantações) que complementam seus rendimentos com algumas atividades turísticas, oferecendo geralmente alojamento, refeições e oportunidades de adquirir conhecimentos sobre as atividades agrícolas.? (Organização Mundial do Turismo, 1993)Desde 2001 a Hospedaria pertence à Associação de Hotéis Roteiros de Charme, entidade reconhecida pelo compromisso de aliar conforto e qualidade de serviços, e que tem apoio da UNEP (United Nations Environment Programme) pelo seu Código de Ética e Conduta Ambiental.